Los agentes biológicos se definen como «cualquier sustancia de origen animal, vegetal y microorganismos, o derivada de éstos, que produzcan un efecto adverso en el ser
humano”.  Se incluyen en este apartado aquellos contaminantes que, a diferencia de los considerados con anterioridad, están constituidos por seres vivos, es decir, son organismos con un determinado ciclo de vida, que incluyen procesos de reproducción y crecimiento y que al penetrar en el hombre en algún momento, determinan en él la aparición de enfermedades de tipo infeccioso o parasitario que se evidencian por la presencia en el sujeto afectado de unos determinados trastornos, distintos en cada caso según el agente causal.

Actualmente, y en consonancia con la definición anterior, también se consideran agentes biológicos a las sustancias y/o secreciones provenientes de estos seres vivos.

Los organismos causantes de dichas enfermedades son de naturaleza muy distinta, y en muchos casos esas enfermedades o infecciones se transmiten de los animales al hombre y viceversa, recibiendo el nombre de zoonosis.
Tales organismos se pueden clasificar, según sus características, en cinco grupos principales:
– Bacterias. Son microbios típicos, es decir, organismos muy pequeños que miden alrededor de las cinco milésimas de milímetro.

– Protozoos. Son animales microscópicos, constituidos por una sola célula, y que algunos pueden infectar al hombre.

– Virus. Son formas de vida extraordinariamente sencillas, y por ello, su tamaño también es muy pequeño (miden millonésimas de milímetro).

– Hongos. Se trata de formas de vida microscópicas de carácter vegetal y que se desarrollan constituyendo filamentos.

– Endoparásitos. Son organismos animales de tamaño apreciable (miden varios milímetros), y que desarrollan alguna de las fases de su ciclo de vida en el interior del cuerpo humano.